Фамилия Сидыганова — женская форма, мужской вариант — Сидыганов. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому имени или прозвищу, что типично для фамилий, возникших в зоне активных контактов русских с тюркскими народами (Поволжье, Урал, южные регионы). Разбор фамилии стоит начать с корня «сиды-» или «сиди-», который можно связать с тюркским словом «сидык» (моча) или с глагольной формой «сидыр» (сдирать, обдирать). Однако в основе прозвищ чаще лежат бытовые, а не физиологические детали, поэтому вероятнее версия, что «Сидыган» — это искажённое тюркское имя типа «Ситдик» или «Ситдык», образованное от арабского «садик» (правдивый, верный). В татарской и башкирской среде имя Ситдик (или Ситдык) было распространено, а русское ухо могло переделать его в Сидыгана, добавив типичный русский суффикс -ан, который часто встречается в прозвищах и фамилиях (ср. Иван, Степан, но и как уменьшительная форма). Суффикс -ов в мужском варианте указывает на принадлежность: «сын Сидыгана».

Есть и другая, менее вероятная, гипотеза: связь с диалектным словом «сидыгать» (медлить, колебаться). Но такая версия не подкреплена широкой географией фамилии — она встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область), где тюркские корни очевидны. Встречаются также варианты написания: Сидыков, Сидиков — они указывают на ту же основу, но с другим суффиксальным оформлением. Фамилия Сидыганова — редкая, её носители, вероятно, потомки крещёных татар или башкир, либо русских, принявших фамилию по имени соседа-тюрка. Социальный состав мог быть разным: от крестьян до служилых людей, но точных данных по сословию нет. Главное, что фамилия сохранила в себе память о личном имени, которое когда-то звучало как Сидыган.