Фамилия Сикисова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или имя, связанное с тюркскими или кавказскими языками, где корень «сикис» может означать «восемь» (ср. тюркское «секиз»). В таком случае Сикис могли прозвать восьмого ребёнка в семье или человека, носившего какой-либо предмет с цифрой восемь. Однако есть и другая, более прозаичная версия: прозвище могло произойти от диалектного глагола «сикать» — в некоторых говорах так называли брызгать, прыскать или, в переносном смысле, суетиться, бегать. Тогда Сикиса — человек подвижный, непоседливый.

По словообразовательной модели фамилия типична для восточнославянского ареала: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Сикисова — женская форма от Сикисов, то есть дочь или жена Сикиса. Мужской вариант, Сикисов, мог возникнуть в среде, где фамилии оформлялись по отчеству, но без характерного русского суффикса -ин, что наводит на мысль о более позднем, возможно, искусственном закреплении. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного прозвища, закрепившегося в конкретной деревне или семье.

Географически фамилия могла бытовать в регионах с тюркским или кавказским влиянием — например, в Поволжье, на Северном Кавказе или в казачьих областях. Учитывая, что фамилии на -ов с неочевидным корнем часто возникали в среде однодворцев или казаков, предки Сикисовой могли быть служилыми людьми, получившими прозвище по внешнему признаку или занятию. Спорных версий здесь немного: попытки связать фамилию с греческим «сикис» (смоковница) выглядят натянуто, так как для русской ономастики такая основа нетипична и не подтверждается источниками. Таким образом, наиболее правдоподобным остаётся тюркское числительное или диалектное русское прозвище.