Фамилия Сикушенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «маленький», «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках был основным способом формирования фамилий в Поднепровье и на Левобережной Украине. Позже, с расширением границ Российской империи, такие фамилии распространились на Кубань и юг России.

Основа фамилии — Сикуша, уменьшительно-пренебрежительная форма от личного имени Сика. Это имя, в свою очередь, могло быть народным вариантом церковного имени Сила, Силуан или Сисиний (в украинской традиции их часто сокращали до Сика). Вторая, более бытовая версия, отсылает к прозвищу Сикуша, которое давали человеку, имевшему привычку «сикать» — то есть брызгать, сочить жидкость. В говорах так могли назвать неаккуратного или плаксивого человека, либо того, кто работал с жидкостями (например, бондаря или солевара). Третья, менее вероятная, связь с глаголом «сикать» в значении «сечь, рубить» — тогда прозвище могло достаться воину или лесорубу.

Географически фамилия Сикушенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины (Полтавская, Черкасская, Сумская области), а также в приграничных регионах России — Курской и Белгородской областях. Это типично для фамилий, возникших в среде казачества и крестьянства Гетманщины. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется — её носителями были в основном мещане и казаки, реже государственные крестьяне.

Словообразовательная модель проста: к основе Сикуш- добавляется типичный для Восточной Украины патронимический суффикс -енко. Интересная деталь: в польских метриках XVIII века фамилия могла записываться как Sikuszynko или Sikuszenko, что отражает влияние польской орфографии на украинскую письменность того времени. В современной России встречается ошибочное ударение на второй слог (СикУшенко), хотя в украинском языке оно падает на третий: Сикушéнко.