Фамилия Симишина — редкий случай, когда женская форма прочно закрепилась в качестве основной, хотя по происхождению она, разумеется, отчество от мужской основы. В основе лежит имя или прозвище Симиша. Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Симеон (древнееврейское «слушающий Бога»). В русском языке имя Симеон дало множество производных: Сема, Сёма, Симиша, Симка. Суффикс -иш- в данном случае не увеличительный (как в «домище»), а скорее обиходно-бытовой, характерный для северных и сибирских говоров, где так образовывали домашние варианты имён.

Модель образования проста: к основе Симиш- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Симиши). То есть Симишин — это «сын Симиши», а Симишина — первоначально «жена Симишина» или «дочь Симишина». Со временем женская форма стала самостоятельной фамилией, что нередко случалось, если в семье долго не было наследников по мужской линии или фамилия фиксировалась по документам матери.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям, особенно к Курской, Белгородской и Воронежской губерниям. Там форма Симиша как производное от Симеона встречалась чаще, чем в центральных регионах. Встречается и украинский след: в украинском языке имя Симеон могло звучать как Симин, а Симиша — как ласкательное обращение к младшему члену семьи.

Спорный момент — возможная связь с диалектным словом «симить» (темнеть, смеркаться) или «симка» (мелкая рыбёшка, уклейка). Однако эти версии маловероятны: прозвища от глаголов с суффиксом -иш- в русском языке практически не образуются, а рыболовная тема дала бы фамилию Симкин, а не Симишин. Поэтому церковное имя остаётся главным и самым надёжным объяснением.

Носительницы фамилии Симишина могут с уверенностью связывать свою родословную с крестьянской или мещанской средой юга России XVII–XIX веков, где имя Симеон было одним из самых распространённых, а его просторечные формы передавались из поколения в поколение.