Фамилия Синдрапупкина — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её на части. Основа — «Синдрап» — звучит не как типичное русское слово или имя. Скорее всего, это искажённое или переосмысленное заимствование. Самый вероятный путь: от греческого имени «Синдроп» или «Синдрап», которое могло попасть в русскую среду через церковные книги или приезжих греков. Имя «Синдроп» (Σύνδροπος) в греческом означает «сопутствующий», «спутник» — так могли называть человека, который постоянно сопровождал кого-то, был помощником или попутчиком. В русском быту такое редкое имя легко обрастало просторечными формами: Синдрап, Синдря.

Суффикс «-упк-» в фамилии Синдрапупкина — нестандартный. Обычно русские фамилии образуются с суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же видна уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная модель: «-упк-» (как в «дедупка», «мамупка») встречается в диалектах и просторечии, особенно на юге России и в Украине. То есть сначала от имени Синдрап образовали прозвище Синдрапка (человек, связанный с Синдрапом), а потом к нему добавили «-упк-» для ещё более сниженного, домашнего звучания: Синдрапупка. Фамилия Синдрапупкина — это форма женского рода от Синдрапупкин, то есть «жена или дочь Синдрапупки».

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная: основа могла быть искусственной, образованной от фамилии Синдрапкин, которая, в свою очередь, восходит к польскому или украинскому прозвищу «Синдрап» (от «синдро» — стадо, гурт, или от «синдрик» — мелкий торговец). Тогда «-упк-» могло появиться как шутливое переосмысление: «Синдрапкин» → «Синдрапупкин» (по созвучию с «пупок», «пупсик»). Но это уже народная этимология.

Географически фамилия Синдрапупкина почти не встречается. В открытых базах данных и телефонных справочниках она отсутствует. Это говорит о том, что носителей крайне мало — возможно, единицы, и фамилия существует в одной-двух семьях. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или мещан из южнорусских или малороссийских губерний, где такие «длинные» прозвища с уменьшительными суффиксами были в ходу. Сословная принадлежность предков, скорее всего, недворянская: фамилии на «-упкин» не характерны для высших слоёв, которые предпочитали формы на «-ов» или «-ский».

Итак, основная версия: Синдрапупкина — это редкая фамилия, образованная от греческого имени Синдроп через цепочку уменьшительных форм. Предок носителя, вероятно, был человеком по имени или прозвищу Синдрап, а его потомков в быту называли Синдрапупкиными. Фамилия уникальна и, скорее всего, не имеет массового распространения.