Фамилия Синепушкина — редкий случай, когда её основа почти наверняка не связана с цветом. Несмотря на прозрачное сочетание «синий» и «пушка», первое, что приходит в голову — прозвище человека с синим ружьём или пушкой, — фантастично. В русской традиции прозвища по цвету оружия не фиксируются, да и огнестрельное оружие было не у всех.

Куда правдоподобнее версия, что перед нами не «пушка», а диалектное слово «пушка» или «пушок» — в значении «пух», «перина», «мягкая постель» (ср. «пушной», «распушить»). В некоторых говорах «пушкой» называли и пушистый хвост зверя, и охапку сена. Тогда «Синепушка» — прозвище человека с синеватым, пушистым волосом, бородой или одетого во что-то синее и мягкое. Или же прозвище дали по месту: например, в избе, где стояла синяя перина (синяя краска была дорогой и редкой, что могло выделять хозяина).

Вторая версия — от имени собственного. Основа могла быть искажением: не «синий», а от канонического имени «Синезий» (греч. «разумный»), которое в народе переделали в «Синя», «Синепушка». Но это менее вероятно из-за редкости имени на Руси.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Синепушкина — дочь или жена Синепушки. Фамилия образована от прозвища отца, которое, скорее всего, дали за внешность или за характерную деталь быта. Встречается она в основном в центральных областях России, но точной географии нет: фамилия редкая, её носители рассеяны.

Сравните с однокоренными: Синепольский, Синебрюхов, Пухов. Если Пухов — от «пух» (легкий, мягкий), то Синепушкин — тот же корень, но с цветовым уточнением. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный характер. Социальный контекст: скорее всего, предки — крестьяне или посадские, прозвище бытовое, не дворянское.