Фамилия Синепупкин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища, в основе которого лежит цветообозначение. Первая часть, «сине-», указывает на синий цвет. Вторая часть, «пупкин», — производное от слова «пуп», то есть пупок. Получается, что прозвище Синепупок дали человеку с заметной синевой в области живота — возможно, из-за большой родинки, синяка, грыжи или просто смуглой кожи.

Словообразовательная модель проста: прозвище Синепупок → притяжательное прилагательное Синепупкин («чей?» — сын Синепупка). Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я, а также от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Здесь основа «Синепупк-» получила суффикс -ин, что дало фамилию Синепупкин. Такая модель характерна для центральных и северных регионов России.

У фамилии нет однозначной географической привязки, но по встречаемости она тяготеет к Поволжью и югу России. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется — это говорит о её позднем закреплении либо о малочисленности рода. В XIX веке прозвища с цветом и частью тела (Белоножкин, Черноглазов) давали в крестьянской и мещанской среде, часто с оттенком иронии или меткой внешней особенности.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пупкин, Пупков, Пупов) показывает, что основа «пуп» в прозвищах не обязательно связана с пупком как частью тела — иногда так называли низкорослого или круглого человека. Но в сочетании с «синий» конкретизация телесная: скорее всего, прозвище описывало реальный физический признак.

Версия о связи с ремеслом или профессией маловероятна. «Синепупкин» не похож на фамилии от названий занятий (Кузнецов, Плотников). Спорных гипотез, кроме указанной, нет — фамилия настолько прозрачна по составу, что альтернативные толкования (например, от топонима) не имеют оснований.

Таким образом, Синепупкин — это фамилия-характеристика, данная по внешности предка. Носитель такой фамилии может с высокой вероятностью считать, что его далёкий предок получил прозвище из-за синего пятна или особенности кожи на животе.