Фамилия Синепупов происходит от прозвища Синепупый (Синепуп). Само именование Синепупый (Синепуп) образовано от двух основ: «синий» и «пуп» (то есть «живот»). Соответственно, именование Синепупый (Синепуп) мог получить человек, который имел бледный цвет кожи. Не исключено, что именование Синепуп могло принадлежать казаку. По правилам Запорожской Сечи, мужчины, прибывшие в стан казаков, должны были оставить свои фамилии за внешними стенами и войти в казацкий мир с тем именем, которое бы удачнее всего их характеризовало. Так и прозвище Синепупый закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Синепупов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Синепупый, со временем получил фамилию Синепупов.