Фамилия Синепупов — редкий и выразительный пример того, как прозвище, данное человеку, закреплялось за его потомками. В её основе лежит прозвище Синепупый или Синепуп, которое образовано сращением двух основ: прилагательного «синий» и существительного «пуп», то есть «живот». Прямое значение — «синепузый», «с синеватым животом». Чаще всего такое прозвище давали человеку с очень бледной, почти прозрачной кожей, через которую просвечивали вены, — отсюда и «синий» оттенок.

Однако есть и более колоритная версия, связанная с казачьим бытом. По правилам Запорожской Сечи, мужчина, вступая в казацкое братство, оставлял своё прежнее имя и фамилию за стенами сечи и получал новое прозвище, которое должно было метко и точно характеризовать его внешность, характер или привычки. В такой среде прозвище Синепупый вполне могло закрепиться за казаком с бледным животом — деталь, которую не скрыть в походной жизни. Со временем это уличное именование перешло в разряд официальных: потомки человека по прозвищу Синепупый стали писаться Синепуповыми.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе прозвища, отвечая на вопрос «чей?» — то есть сын, внук или потомок Синепупа. Такая модель была самой распространённой на Руси, особенно в северных и центральных землях, тогда как на юге, в казачьих областях, чаще встречались фамилии на -енко или -ук. Само наличие формы Синепупов, а не, скажем, Синепупенко, говорит о том, что фамилия оформилась уже после того, как прозвище перестало быть чисто казачьим и закрепилось в крестьянской или мещанской среде.

Стоит отметить, что прозвища с корнем «пуп» в старину не были редкостью. В ономастической литературе встречаются аналогичные образования: Пупов, Пупков, Белопупов. Синепупов выделяется на их фоне цветовым определением, которое делало прозвище более индивидуальным и запоминающимся. Бледность кожи в народной культуре не всегда оценивалась положительно — она могла указывать на болезненность или, наоборот, на «не мужицкую», барскую белизну, что тоже становилось поводом для насмешливого прозвища.

Точное время и место возникновения фамилии Синепупов сегодня назвать нельзя: подобные прозвищные фамилии формировались стихийно в разных регионах, и без серьёзных генеалогических изысканий, опирающихся на архивные документы, можно говорить лишь о наиболее вероятных путях её появления. Ясно одно: фамилия эта — живой след той эпохи, когда личное прозвище говорило о человеке больше, чем паспорт, и сохранилось в веках, превратившись в родовое имя.