Фамилия Синепутова — редкий пример русской фамилии, образованной от прозвища, которое буквально описывает внешность или манеру поведения. Основа здесь — прилагательное «синий» и существительное «путь». Слово «синепут» могло означать человека с синими прожилками на ногах (варикоз, «синие пути» вен) или того, кто ходит по «синему пути» — то есть по воде или болоту. В говорах «синий путь» иногда называли дальнюю дорогу, полную опасностей, поэтому прозвище могли дать страннику, бродяге или человеку, много путешествующему.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Синепутов — сын Синепута. Окончание -а в женском варианте Синепутова не меняет смысла, а только обозначает принадлежность к роду. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская: такие «говорящие» прозвища редко закреплялись за высшими сословиями, где предпочитали фамилии от имен святых или географических названий.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В переписях XIX века единичные носители встречались в Вологодской и Костромской губерниях — регионах с развитой речной сетью и болотистой местностью, где «синий путь» мог быть бытовым ориентиром. Встречается вариант написания с двойным «п» (Синепуттова) — это следствие народной этимологии, когда прозвище переосмысливали как «синий путник».

С точки зрения ономастики, Синепутова стоит в одном ряду с такими редкими фамилиями, как Синебрюхов, Синеглазов или Синегубов. Все они образованы от прозвищ, где цветовая характеристика сочетается с частью тела или действием, и все они практически не имеют аналогов в других славянских языках — это чисто русская словообразовательная модель, уходящая корнями в бытовую наблюдательность крестьянской среды.