Фамилия Синеркина — женская форма фамилии Синеркин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, либо от прозвищ и имён с уменьшительными суффиксами. Здесь основа «Синерк-» — редкая и нестандартная, что сразу указывает на то, что корень, скорее всего, не славянский, а заимствованный или диалектный.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с греческим словом «синергия» (συνεργία) — сотрудничество, совместное действие. В церковной и богословской среде этот термин был известен, но маловероятно, что крестьянин или ремесленник получил бы прозвище по такому абстрактному понятию. Скорее, основа восходит к греческому же «синеркос» (σύνερκος) — «соработник», «помощник». В южнорусских и украинских землях, где было сильно греческое влияние (через торговлю или переселение священников), такое прозвище могло закрепиться за человеком, который работал в паре, был подручным мастера.

Альтернативная версия — топонимическая. В некоторых говорах «синерка» могло быть искажённым названием речки или урочища. Например, в бассейне Дона встречаются гидронимы с корнем «син-» (от тюркского «синь» — синий, голубой), но «Синерка» как конкретный топоним не зафиксирован в известных справочниках. Если фамилия действительно от названия места, то её носители — выходцы из исчезнувшего или малого поселения.

Суффикс -к- в основе (Синерк-а) указывает на то, что фамилия образована от прозвища, которое заканчивалось на -ка: Синерка. Такие прозвища давали либо по внешности, либо по роду занятий. Поскольку фамилия не дворянская и не княжеская (нет суффикса -ский), её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Географически фамилия Синеркина встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает версию о греческом или малороссийском следе.

В целом, фамилия Синеркина — это редкий случай, когда прозвище, скорее всего, означало «помощник» или «соратник», а сама фамилия сохранила память о каком-то совместном труде или ремесле предка.