Фамилия Синилкина — женская форма фамилии Синилкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Синилка. Основа здесь — не птица синица, как могло бы показаться на первый взгляд, а прилагательное «синий». В русских говорах «синилкой» называли не только красильщика тканей в синий цвет, но и человека, который постоянно ходил в синей одежде или имел синюшный оттенок кожи (например, от болезни или особенности кровообращения). Синий цвет на Руси ассоциировался с печалью, скромностью, а в крестьянской среде — с будничной одеждой, поэтому прозвище могло быть как нейтрально-описательным, так и ироничным.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Синилкин — «сын Синилки». Это типичная модель для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от фамилий-птиц (Синицын, Соколов), здесь корень не орнитонимный, а цветовой, что делает фамилию более редкой по происхождению.

Интересная деталь: в некоторых областях (например, в Вологодской и Архангельской губерниях) «синилкой» могли называть также растение-синюху или гриб-синявку, но это локальные варианты, которые редко становились основой для фамилии. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо ремесленником-красильщиком, либо просто человеком с заметной внешней особенностью — синевой в облике.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее, к крестьянским или мещанским. Встречается преимущественно в Поволжье и центральной России, но без ярко выраженного гнезда: носители рассеяны по разным областям.