Фамилия Сининкина — женская форма фамилии Сининкин, и её разговорная, «домашняя» природа заметна сразу. В основе лежит не церковное имя, а прозвище или уличное имя Сининка. Уменьшительно-ласкательный суффикс -инк- в русских прозвищах часто указывал на что-то маленькое, нежное или на ребёнка: Сининка — это, скорее всего, «маленький Синя» или «сын Сини». А Синя — сокращение от имён Сидор, Сильвестр или, реже, от полного прозвища Синий.

Самая прямая версия: прозвище Синий давали человеку со смуглой кожей, с синеватым отливом лица (например, из-за болезни или постоянной работы на холоде), либо тому, кто носил синюю одежду. В русских говорах «синий» могло означать и «черноглазый», «темноволосый». Таким образом, Сининкин — потомок человека, которого в деревне звали Синей или Сининкой. Модель образования — типичная для северных и центральных областей России: прозвище на -ка (Сининка) → фамилия на -ин (Сининкин) → женская форма Сининкина.

Фамилия редкая и не встречается в крупных дворянских родословных книгах. Она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в Вятской, Пермской и Костромской губерниях — там, где любили уменьшительные прозвища и где фамилии на -ин(-кин) были нормой. В современной России носители фамилии Сининкина рассеяны, но заметное число сосредоточено в Кировской области и Удмуртии — прямое наследие вятского ареала.

Если сравнивать с похожими фамилиями: Синявин, Синягин, Синельников — все они ведут род от того же корня «синий», но Сининкина выделяется двойным уменьшительным суффиксом. Это говорит о том, что прозвище было не официальным, а бытовым, передававшимся внутри семьи или узкого круга.