Фамилия Синяпкина образована от прозвища Синяпка, которое легло в основу фамилии по типичной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Синяпкин — сын или потомок Синяпки. Само прозвище, по наиболее распространённой версии, восходит к эстонскому слову sinep, то есть «горчица». Вполне вероятно, что основатель рода Синяпкиных был любителем этой приправы или, что правдоподобнее, занимался её выращиванием либо торговлей ею. Чередование гласных е/я в корне объясняется историческими изменениями в языке, когда иноземное слово адаптировалось под русское произношение.

Существует и альтернативная гипотеза, связывающая прозвище Синяпка с крымско-татарским словом «синап» — «сорт яблок». В этом случае родоначальник Синяпкиных мог заниматься выращиванием и продажей яблок, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Обе версии имеют право на жизнь, но первая, с эстонским корнем, выглядит более убедительной: она объясняет и необычное для русского уха сочетание звуков, и географическую близость эстонских земель к северо-западным русским территориям, где такие прозвища могли возникнуть в результате торговых или культурных контактов.

Прозвище Синяпка закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии. Так потомок человека, обладающего прозвищем Синяпка, получил фамилию Синяпкина. Передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении рода — будь то любовь к острой приправе или садоводческое ремесло предков.