Фамилия Сисейкина — женская форма фамилии Сисейкин, и её происхождение, скорее всего, связано с личным именем или прозвищем, которое в современном русском языке почти исчезло. Основа — «Сисей» или «Сисейка». Это могла быть уменьшительная форма от крестильного имени Сисиний (в просторечии Сисой или Сисей). Имя Сисиний греческого происхождения, в святцах встречается редко, но в некоторых регионах, особенно на Русском Севере и в Поволжье, давали производные формы — Сиса, Сисейка. Фамилия образована по типичной модели: к основе на гласный или мягкий согласный добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Сисейкин, то есть потомок Сисейки.

Интересная деталь: в отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ин чаще встречаются в северных и центральных губерниях России, а также в среде бывших государственных крестьян. Сисейкины могли быть выходцами из Вологодской, Архангельской или Костромской областей, где такие редкие именные формы дольше сохранялись в быту. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян Сисейкиных в переписных книгах Устюжского уезда, но массового распространения фамилия не получила.

Существует и вторая, менее вероятная версия: прозвище Сисейка могло произойти от диалектного глагола «сисейкать» — говорить шепеляво, сюсюкать. Однако такая этимология слабее: прозвища на -ейка обычно давали по имени, а не по дефекту речи, иначе бы фамилия звучала как Сюсюкин или Шепелявин. Поэтому основная гипотеза — от редкого канонического имени Сисиний в народной огласовке.

Фамилия Сисейкина сохранилась в единичных семьях, в основном в Кировской области и Пермском крае. Носителей мало, и это делает её ценной для локальной генеалогии: если вы встретили Сисейкину, почти наверняка её предки — выходцы из одного небольшого куста деревень.