Фамилия Сишненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок». В основе лежит прозвище или мирское имя Сишня. Это слово, скорее всего, не связано с литературным языком, а происходит из диалекта. Наиболее вероятная версия — связь с глаголом «сишнуть» или «сишкать», что в южнорусских и украинских говорах означало «шипеть», «свистеть», «издавать резкий звук». Прозвище Сишня могли дать человеку с характерным голосом, свистящим говором или даже ремесленнику, работа которого сопровождалась шипением (например, кузнецу или стеклодуву).

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от имени собственного. В славянской антропонимии существовали имена-обереги, образованные от звукоподражаний, которые должны были отпугивать злых духов. Сишня могло быть таким «защитным» именем. Важно, что суффикс -енко указывает не на профессию, а на родство: носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Сишня.

Фамилия Сишненко встречается преимущественно на территории современной Украины, особенно в центральных и восточных областях, а также среди потомков украинских переселенцев в России (Кубань, Слобожанщина). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще получали крестьяне и духовенство в центральной России, фамилии на -енко характерны для казацкой старшины и свободных крестьян, что подтверждает социальный контекст её происхождения.

Из-за редкости фамилии в исторических документах точных упоминаний о конкретном Сишне найти сложно. Однако сама словообразовательная модель надёжна: она чётко вписывается в сотни аналогичных украинских фамилий (Грищенко, Тищенко, Лащенко), где основа — короткое прозвище или уменьшительное имя. Таким образом, предки современных Сишненко жили на землях современной Украины, а их родоначальник получил меткое прозвище за особенность речи или звука, сопровождающего его работу.