Фамилия Сисикирогинов — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение, скорее всего, не связано с исконно русскими корнями, а имеет искусственный или заимствованный характер. В основе лежит длинная и необычная для славянских фамилий основа, которая не поддается стандартному разбору через древнерусские прозвища или профессии. Скорее всего, фамилия образована от сложного составного слова, возможно, греческого, тюркского или даже вымышленного происхождения, которое впоследствии было адаптировано под русскую модель с суффиксом -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Сисикирогинов — это потомок человека по прозвищу или имени Сисикирогин (или Сисикирога).

Самая правдоподобная версия — фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где было принято давать «говорящие» фамилии из греческого языка (например, Афиногенов, Диогенов). В таком случае «Сисикирогин» могло быть искажением или переосмыслением греческого словосочетания, например, связанного с «сис» (равный, подобный) и «кирос» (власть, господин). Однако проверить это без архивных записей сложно. Альтернативная гипотеза — фамилия могла быть образована от прозвища, данного по внешнему признаку или звукоподражанию (например, от диалектного слова, родственного «сикать» или «кирикать»), но это менее вероятно из-за длины и структуры.

География фамилии крайне ограничена: она встречается единичными случаями в России, в основном на юге (Краснодарский край, Ростовская область) и в Москве. В дореволюционных источниках она не фиксируется, что говорит о её позднем появлении — возможно, в результате ошибки переписчика, слияния двух фамилий при заключении брака или сознательного выбора в советское время. Носители такой фамилии, скорее всего, не принадлежали к какому-то одному сословию или ремеслу, а уникальность написания указывает на то, что предок был либо грамотным человеком, придумавшим себе фамилию сам, либо потомком иностранца, чья фамилия была русифицирована.