Фамилия Сисикина — редкий пример, где разбор упирается не столько в географию или сословие, сколько в неожиданный корень. На первый взгляд кажется, что основа — «сисик-», но в русском языке такого слова нет. Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища с основой «сис-» или «сися-», которое в диалектах имело несколько значений. В южнорусских и украинских говорах «сиська» — это соска, грудь (часто детское или уменьшительное), а «сисый» могло означать «сосущий», «молочный». Прозвище Сисика могли дать младенцу, который долго не отлучался от груди, или, напротив, взрослому с какой-то характерной чертой, связанной с этой лексикой.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Сисикина — дочь или жена Сисики. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я: сначала было прозвище Сисика (человек, которого так окрестили за особенность), затем отчество Сисикин сын, а потом фамилия закрепилась за потомками. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или двух локальных групп — возможно, из южных или западных регионов России, где такие прозвища были более употребительны.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «сисик» означает «гнилой», «затхлый». Но для русской фамилии такое заимствование маловероятно: оно не вписывается в типичную модель прозвищ, а суффикс «-ин» здесь был бы наложен на чужое слово, что встречается редко и обычно в фамилиях татарского происхождения (типа Сисиков). Фамилия Сисикина явно сохраняет «-к-» и окончание на -а, что характерно именно для русских прозвищных форм.

Ономастические справочники (например, работы В. А. Никонова) не фиксируют эту фамилию в списках распространённых, что подтверждает её исключительность. Носители фамилии могут попробовать поискать предков по метрическим книгам Курской, Орловской или Воронежской губерний — именно там чаще встречаются прозвища с корнем «сис-». В любом случае, Сисикина — не дворянская и не купеческая фамилия, а скорее крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвище давали по бытовой, иногда ироничной примете.