Фамилия Сисикенева — одна из тех редких русских фамилий, чья основа вызывает споры даже у специалистов. На слух она звучит как типичная «материнская» фамилия на -ин, но с необычным корнем. В русской ономастике суффикс -ин/-ын обычно указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь такого-то человека. Однако основа «Сисикен» не встречается в крестильных святцах и явно не церковного происхождения.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или мирским именем Сисика. В русских говорах слово «сиська» (или «сиска») имело два основных значения: либо уменьшительное от «сись» (грудь, сосок), либо диалектное название птицы — синицы или какой-то мелкой птахи. В некоторых областях «сиской» могли прозвать человека за капризность, изнеженность или, наоборот, за маленький рост и юркость. Если добавить к такому прозвищу суффикс -ен, характерный для севернорусских и сибирских говоров (сравните: Козёл — Козленок, Сися — Сисенок), то получится Сисикен — «сын или потомок Сисики». Форма Сисикенева — это женский вариант от мужской фамилии Сисикенев, то есть «дочь/жена Сисикенева».

Менее убедительна, но возможна версия о тюркском или финно-угорском происхождении. В некоторых тюркских языках есть слово «сисик» — «опухоль, нарыв», что могло стать основой для прозвища некрасивого или болезненного человека. Однако для русской фамилии такое объяснение маловероятно: суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный, что типично именно для славянских, а не заимствованных корней.

Географически фамилия крайне редкая. Единичные носители встречаются в Поволжье и на Урале — регионах, где было активно смешение русского населения с местными народами. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, а не в дворянской среде. Никаких документальных свидетельств о древнем боярском роде Сисикеневых не существует — это поздняя, вероятно, даже XIX века, фамилия.

Если отбросить экзотические гипотезы, то перед нами типичная «прозвищная» фамилия, образованная по живой словообразовательной модели. Предок носительницы фамилии, скорее всего, был человеком невысокого роста или обладал каким-то заметным внешним признаком, за что и получил прозвище Сисика. Со временем прозвище перешло в фамилию, а суффикс -ен добавил ей оттенок «детскости» или уменьшительности, что тоже характерно для русских фамилий, возникших в крестьянской среде.