Фамилия Сисекенова — редкий пример, где сразу бросается в глаза необычная основа. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский встречаются на каждом шагу, а вот корень «Сисекен-» явно не славянский. Это почти наверняка указывает на тюркское или кавказское происхождение, скорее всего, из языков карачаево-балкарской или кумыкской группы, где распространены фамилии с таким звучанием.

Разберем состав. Основа «Сисекен» может восходить к личному имени или прозвищу. В тюркских языках «сисек» (или «сизек») означает «набухать», «вздуваться» — в переносном смысле так могли назвать вспыльчивого, гневливого человека («вспухший от злости»). Однако более вероятная версия — это вариант имени Сесек (Сёсек), которое в карачаево-балкарском языке связано со словом «сёз» (слово, речь). Тогда «Сёсекен» — «красноречивый», «говорун», а в быту — прозвище болтуна или, наоборот, уважаемого сказителя. Финальный компонент «-ен» в тюркских фамилиях часто выполняет функцию притяжательного суффикса (как русское «-ов»), указывая на принадлежность роду.

Фамилия женская, образована по русской модели: к мужской основе Сисекенов добавили окончание -а. Мужской вариант — Сисекенов. Такая адаптация типична для народов Северного Кавказа, где после вхождения в состав Российской империи местные родовые имена оформляли по русскому образцу. Географически фамилия чаще всего встречается в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, реже — в Ставропольском крае и среди балкарской диаспоры.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для великорусских фамилий: нет привычного суффикса -ин/-ов, присоединенного к прозвищу. Вместо этого мы видим цельное тюркское имя, к которому добавили русский родовой показатель. Это ставит Сисекенову в один ряд с такими фамилиями, как Кудаев, Темирканов, где основа — нерусское имя, а окончание — русское. Социально предки носительницы фамилии, скорее всего, были вольными горцами (узденями) или крестьянами, поскольку княжеские и дворянские тюркские фамилии на Кавказе чаще оформлялись суффиксом -ов без изменений, но с сохранением арабских или персидских корней, а не бытовых прозвищ.

Подлинных исторических документов о конкретном человеке по фамилии Сисекенов найти сложно — фамилия малочисленная и не попала в дореволюционные справочники дворянских родов. Но ономастический анализ уверенно относит её к пласту кавказских фамилий, возникших в XIX — начале XX века при фиксации местного населения в метрических книгах.