Фамилия Сискенов — редкий случай, когда географический ключ лежит почти на поверхности. Её основа, Сискен, с высокой вероятностью происходит от названия реки Сискен (Сыскен) в Кабардино-Балкарии. Это левый приток Баксана, протекающий в узком ущелье. Если предок носителя фамилии жил на этой реке или рядом с ней, его могли прозвать Сискеном — «тот, кто с Сискена». Такая модель образования фамилий от гидронимов (названий рек) характерна для народов Северного Кавказа, особенно для балкарцев и карачаевцев, где фамилии часто указывают на родовое селение или урочище.

Морфология фамилии необычна для русского уха. Суффикс -ов в конце — это уже русская адаптация, типичная для документов XIX–XX веков, когда инородные фамилии «обрусевали» добавлением стандартного окончания. Но сама основа Сискен — не русская. В тюркских языках суффикс -кен может означать принадлежность к чему-то («сделанный из», «относящийся к»), а корень «сис» или «сыс» в балкарском имеет значение «острый», «колющий». Впрочем, версия с рекой выглядит надёжнее: она привязана к конкретному месту, которое до сих пор существует на картах.

Фамилия Сискенов почти не встречается за пределами Кабардино-Балкарии и соседних регионов. Это не массовая фамилия, и её носители, скорее всего, принадлежат к одному из балкарских родов (тукхумов), традиционно живших в Баксанском ущелье. В дореволюционных записях её могли писать по-разному: Сискенов, Сыскенов, даже Сискинов — из-за особенностей произношения и записи тюркских звуков русскими чиновниками. В советское время написание закрепилось через паспортную систему.

Если отбросить гидронимическую версию, остаётся маловероятное, но формально возможное объяснение: от прозвища Сиска (уменьшительное от Сидор или Иосиф в некоторых говорах) с тюркским суффиксом -кен. Но эта гипотеза слабая, потому что фамилия привязана к конкретной кавказской местности, а не к русским диалектам. Спор здесь решается просто: Сискенов — это фамилия, которая говорит не о профессии или внешности предка, а о том, откуда он родом — с берегов горной реки Сискен.