Фамилия Сисекеновы — редкий пример, в котором основа почти наверняка не славянская, а тюркская. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель патронимической фамилии («чей?» — сын такого-то), но корень Сисекен- выбивается из привычного ряда Ивановых или Кузнецовых. Скорее всего, перед нами русифицированная форма тюркского имени или прозвища.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово сисек (или сисэк) — в ряде тюркских языков, например в башкирском и татарском, оно означает «нарыв», «опухоль», «железа», а в переносном смысле — «шишка», «ком». Вторая часть, -ен, может быть либо компонентом сложного имени (например, от слова кен — «широкий», «просторный»), либо аффиксом, образующим прилагательное. Тогда Сисекен — это человек с заметной особенностью (например, родинкой, шишкой на теле) или прозвище по характеру: «надутый», «обидчивый», «вспыльчивый» (как опухоль — вздувается).

Менее вероятна, но возможна версия от арабского имени Сиси (уменьшительное от Юсуф) с добавлением тюркского суффикса -кен. Тогда Сисекен — это «маленький Юсуф», но такая модель встречается реже.

Географически фамилия Сисекеновы почти наверняка привязана к регионам Поволжья, Приуралья или Западной Сибири — зонам активных контактов русского и тюркского населения (татары, башкиры, казахи). Носители фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, чьё родовое прозвище при переходе в православие оформили по русскому образцу. В дореволюционных метрических книгах такие фамилии часто встречаются у государственных крестьян или казаков, а не у дворян.

Однокоренных фамилий немного: Сисекин (от той же основы) и Сисеков (с усечением). Но Сисекеновы стоят особняком из-за необычного суффикса -ен, который редко встречается в русских фамилиях тюркского происхождения. Это делает фамилию ценной для ономастов — она сохранила почти нетронутую тюркскую основу, которую не переделали под более привычное звучание.