Фамилия Сисекина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Сисекин — сын или потомок человека по прозвищу Сисека.

Само слово «сисека» в русских говорах — не литературное, а диалектное. В некоторых областях так называли плаксу, нюню, человека, который постоянно хнычет и «сюсюкает». Есть версия, что это звукоподражательное образование от глагола «сисеть» (ныть, капризничать), родственное «сюсюкать». Таким образом, первым носителем фамилии мог быть незлобивый, но слезливый или излишне мягкий человек — прозвище давали по заметной черте характера.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «сиська» (женская грудь) — в этом случае прозвище могло быть ироничным и относиться к полному, мягкотелому мужчине либо к кормилице. Однако в фамилии форма «Сисека», а не «Сиська», что склоняет к первой версии.

Географически фамилия редкая и, судя по архивным данным и современным справочникам, встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Там, где сохранились старые говоры, слово «сисека» ещё помнят.

С точки зрения социального состава, Сисекины, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не попала в «Бархатную книгу» и в списки служилого сословия — это «народная» фамилия, образованная в бытовой среде, без книжного влияния.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сисин, Сисюкин, Сисёкин) показывает, что все они редки и имеют схожую природу — прозвищную, диалектную. Сисекина стоит в этом ряду как женская форма, которая в документах закрепилась за женщинами, но по сути указывает на род — «жена или дочь Сисеки».