Фамилия Сисекешова — редкая и не сразу читаемая для русского уха. Её форма сразу выдаёт нерусское происхождение: основа «Сисекеш» не имеет славянской этимологии, а конечный элемент -ова — это русский патронимический суффикс, который добавляли при оформлении фамилий по русской модели. Это типичный случай, когда нерусское имя или прозвище «обрусело» через стандартный суффикс принадлежности.

Вероятнее всего, фамилия восходит к тюркским языкам. Корень «Сисек» или «Сисек» в ряде тюркских наречий (татарском, башкирском, казахском) может означать «набухший», «опухоль», «шишка» или, в переносном смысле, «упрямый», «вздорный человек». Вторая часть «-еш» — это, скорее всего, аффикс, образующий имя или прозвище. Таким образом, прозвище Сисекеш могло характеризовать человека с какой-то внешней особенностью (например, родинкой или шишкой) либо, что не менее вероятно, даваться как охранительное имя, чтобы отпугнуть злых духов неприглядным значением.

Мужская форма фамилии — Сисекешов. Женское окончание -а указывает на принадлежность к роду (жена или дочь Сисекешова). Фамилия могла закрепиться в среде татар, башкир или у народов Северного Кавказа, где тюркские корни распространены. Точная география бытования по открытым данным не прослеживается из-за редкости, но носители могут встречаться в Татарстане, Башкортостане, а также среди тюркоязычных диаспор.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное прозвище Сисекеш + русский патронимический суффикс -ов. Примечательно, что в отличие от многих фамилий на -ов, где основа легко узнаваема (Иванов, Кузнецов), здесь основа осталась «чужой» — это говорит о том, что фамилия сложилась сравнительно поздно, в период активного взаимодействия русской административной системы с нерусским населением. Суффикс -еш в основе — редкий для русской ономастики, что делает фамилию уникальной в своём роде.