Фамилия Сисекин на первый взгляд кажется простой, но за ней скрывается неожиданный поворот. Она образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Основа здесь — «Сисек-». Вопрос в том, что это за основа.

Самая прямая версия отсылает к прозвищу или нецерковному имени Сисека. В русских говорах слово «сиська» (уменьшительное от «сися») означало не только грудь, но и, в переносном смысле, неженку, маменькиного сынка, избалованного человека. Прозвище Сисека могли дать капризному или слишком привязанному к матери ребёнку. Фамилия Сисекин в таком случае — это «сын Сисеки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. Суффикс -ек в основе мог быть уменьшительным от имени или прозвища Сиса. А «Сиса» — это не только просторечное название груди, но и диалектное слово, означавшее «сопля», «сопливый» (от глагола «сисеть» — течь, сочиться). В этом случае прозвище Сисека могло относиться к неопрятному или вечно простуженному человеку. Обе версии — прозвищные, и обе указывают на бытовую, неофициальную среду возникновения.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северных регионах России, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ с конкретным, часто нелитературным значением. Официальных данных о дворянском происхождении Сисекиных нет: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешним или поведенческим признакам.