Фамилия Сисёлкин представляет собой фонетический вариант фамилии Сесёлкин, которая образована от прозвища Сеселка. Предположительно это имя этимологически связано с диалектным глаголом «сесекать», что значит «шепелявить». Таким образом, прозвище Сесёлка может указывать на особенности речи предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сеселка, со временем получил фамилию Сисёлкин.