Фамилия Сисенова — женская форма, а мужская, Сисенов, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный с помощью суффикса -ов. Вопрос в том, что легло в основу. Самое прямое объяснение — прозвище или имя Сисен. Слово «сисень» в русских говорах имело несколько значений, и все они нелестные: так называли плаксу, нытика, капризного или изнеженного человека. В некоторых диалектах «сисень» — ещё и вялый, медлительный мужчина. Прозвища такого типа (Плакса, Нытик, Сопля) в крестьянской среде были обычным делом — они не обязательно отражали реальный характер, часто давались «от противного» или по случайной детали поведения.

Есть и другой путь. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, существует имя Сисен (Сисенбай, Сисенкул), восходящее к числительному «сиксен» — восемьдесят. В кочевой культуре имена-числа давали, чтобы обмануть злых духов: считалось, что ребёнок с «нечеловеческим» именем проживёт долгую жизнь. Если фамилия имеет тюркские корни, её исходная форма могла звучать как Сисенов или Сисенов, а позже адаптироваться к русской орфографии. В таком случае предки носителя фамилии — выходцы из Поволжья, Приуралья или Казахстана, принявшие православие и русифицировавшие фамилию.

С точки зрения географии, фамилия Сисенова редкая. Встречается спорадически в Оренбургской, Челябинской областях и в Казахстане — как раз на стыке славянского и тюркского миров. Это косвенно подтверждает вторую версию: фамилия могла возникнуть в среде оренбургских казаков, среди которых было много крещёных татар, башкир и казахов. Суффикс -ов здесь — не национальный маркер, а чисто грамматический: русская администрация и церковь требовали «правильного» оформления фамилий.

Что касается сословной принадлежности, то фамилия не дворянская и не купеческая. Скорее всего, предки Сисеновых — государственные или ясачные крестьяне, казаки или однодворцы. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших в глубинке в XVIII–XIX веках.