Фамилия Сисенов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, Сисен, не похожа на распространённые славянские имена или прозвища, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Сисенов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Сисен. Но что скрывается за этим корнем?

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения. В тюркских языках (казахском, татарском, башкирском) есть имя Сысен или Сисен, которое восходит к числительному «сорок» (qırıq в татарском, qırıq в башкирском, но в некоторых диалектах — sisen). В ономастике тюркских народов имена-числительные встречаются: например, Биргельды (от «один»), Екей (от «два»). Сорок могло быть именем-оберегом, данным ребёнку, чтобы он прожил долгую жизнь, «как сорок человек», или указывать на порядок рождения в многодетной семье. В таком случае Сисенов — это «потомок того, кого звали Сисен (Сорок)».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «сисень», которое в некоторых говорах означало «ленивый, вялый человек». Однако такое прозвище крайне редко встречается в фамилиях, и основа Сисен- без суффикса -ев (Сисенев) выглядит нехарактерно для чисто русского образования. Поэтому тюркская гипотеза надёжнее.

Географически фамилия Сисенов встречается в основном в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область), а также на Северном Кавказе и в Казахстане. В центральной России она почти не фиксируется. Это косвенно подтверждает её происхождение от тюркского личного имени.

В XIX веке носители фамилии Сисенов, вероятнее всего, были крестьянами или казаками, получившими фамилию по имени отца при переписях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. С точки зрения словообразования, фамилия простая: корень Сисен- плюс типичный русский патронимический суффикс -ов, что характерно для фамилий, образованных от имён, незнакомых русскому уху.