Фамилия Сисенков — одна из тех, где ясна модель образования, но спорна и неочевидна основа. Если отбросить суффикс -ов (стандартный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Сисенков, то есть сын Сисенка), то корень упирается в имя или прозвище Сисенко. А вот откуда взялось само Сисенко — тут возможны два основных пути.

Самая прямая версия: Сисенко — это форма крестильного имени Сисиний. Имя это редкое, греческого происхождения, встречалось в святцах, но массового распространения не получило. В народной речи оно легко сокращалось и обрастало уменьшительными суффиксами: Сиса, Сисеня, Сисенко. Суффикс -енко в данном случае не украинский (как в фамилиях на -енко), а уменьшительно-ласкательный, характерный для русских прозвищ и неканонических форм имени (сравните: Вася — Васенок, Коля — Коленка). Со временем прозвище Сисенко закрепилось за человеком, а его дети стали Сисенковыми.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с диалектным словом «сисень» или «сися» — в некоторых говорах так называли соску, сосок, а в переносном смысле — изнеженного, капризного человека, «маменькиного сынка». Прозвище могли дать ребенку или взрослому за мягкость характера. Однако в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -енков чаще всего возводятся к каноническим именам через уменьшительные формы, поэтому версия с именем Сисиний выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Сисенков редкая и тяготеет к центральным и северным областям России, где были распространены формы на -енок/-енков (сравните: Косенков, Маленков). Сословных ограничений у неё не было: крестьяне, мещане, духовенство — любой мог получить такое прозвище по имени предка. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается спорадически, в основном в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. Встречается вариант написания Сисенков, где первая буква «и» под ударением, что подтверждает связь с именем Сисиний (ударение на второй слог).

Таким образом, предок носителя фамилии Сисенков, скорее всего, звался в быту Сисенком — уменьшительной формой от редкого крестильного имени Сисиний. Фамилия не массовая, сохранила архаичную словообразовательную модель и указывает на происхождение из северорусских или центральных губерний.