Фамилия Сисенкулова образована от мужской формы Сисенкулов, которая, скорее всего, восходит к составному тюркскому имени или прозвищу. Основа здесь — «сисен», что в ряде тюркских языков (например, в казахском) означает «жирный», «упитанный», «тучный». Вторая часть — «кул» («раб», «слуга»), часто использовалась в именах как компонент, обозначающий посвящение богу или почтение: например, Кул-Мухаммед, Кул-Ахмет. В сочетании «Сисенкул» имя можно перевести как «тучный раб» или, в переносном значении, «сытый слуга». Однако не стоит понимать это буквально как оскорбление — в кочевой культуре полнота и упитанность считались признаком достатка и здоровья, так что прозвище могло быть вполне уважительным.

Словообразовательная модель типична для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана: к основе на согласный добавляется русский патронимический суффикс -ов (Сисенкулов), а женский вариант получает окончание -а. Фамилия не является исконно русской по корню, но оформлена по русской грамматической традиции, что говорит о длительном взаимодействии тюркских народов с русской административной системой, особенно в XIX веке, когда фамилии фиксировались в метриках и переписях.

Географически фамилия Сисенкулова встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане, а также у казахов Западного Казахстана. Это указывает на регион, где исторически жили башкиры, татары и казахи, часто менявшие кочевой уклад на оседлый. Встречается и вариант Сисенкулов без конечного -а, но в женском роде форма на -а закрепилась как неизменяемая.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов/-ев, где основа — это личное имя отца (Иван — Иванов), здесь основа — это цельное прозвище или имя, которое уже включало компонент «кул». Это делает фамилию не просто «сыном такого-то», а прямым наследником прозвища, описывавшего конкретного человека. Сравните с однокоренными фамилиями вроде Кулов, Кулмухаметов — все они строятся по той же схеме, но «Сисенкулов» выделяется редкой первой частью, почти не встречающейся в других русских фамилиях.