Фамилия Систейкин — редкий пример того, как прозвище, связанное с положением в семье, застыло в фамильном имени. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Систейка. Это ласкательная форма от слова «сирота» через диалектное «систый» или «систа» — так в северных и центральных русских говорах называли сироту, бедняка, одинокого человека. Суффикс -ейк- (как в «дядя — дядейка») придаёт слову уменьшительно-жалобный оттенок, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Систейки», то есть потомок того, кого в округе звали сироткой.

Интересно, что фамилия Систейкин почти не встречается за пределами нескольких районов бывшей Вятской губернии — сейчас это Кировская область и прилегающие территории. В переписных книгах XVII–XVIII веков в вятских погостах фиксированы крестьяне с прозвищем Систейка, что подтверждает именно севернорусское происхождение. В отличие от более распространённых «сиротских» фамилий (Сироткин, Сиротин), Систейкин сохранила редкую диалектную основу, которая не закрепилась в литературном языке.

Морфологически фамилия проста: корень сист- (от «систый» — сирота), суффикс -ейк- (ласкательный), окончание -а в основе, и фамильный суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Систе́йкин. Встречаются варианты написания с одной «с» — Систейкин, но это скорее описки, чем самостоятельная ветвь.

Социально предки носителей фамилии принадлежали к крестьянскому сословию, чаще к государственным (не помещичьим) крестьянам Вятского края. Прозвище могло закрепиться за человеком, который рано потерял родителей, или за приёмным ребёнком, которого так и звали в деревне — Систейка. Фамилия не перешла в дворянские роды и не попала в списки известных деятелей, что делает её типичным образцом «народной» ономастики, сохранившей местный говор.