Фамилия Скафарик — редкий случай, когда исходное слово почти полностью совпадает с современным звучанием, но при этом неочевидно для русского уха. Основа здесь — «скафар», и в ней сразу слышна нерусская природа. Скорее всего, это южнославянская или западнославянская фамилия, и её корень — чешское или словацкое «skafár» (от немецкого «Schaffer»). В ремесленной среде так называли мастера, который «заведует» делом: управляющего, эконома, распорядителя на производстве или в поместье. То есть предок Скафарик мог быть не простым работником, а тем, кто организовывал работу, следил за учётом и ресурсами.

Формант «-ик» в этой фамилии указывает на уменьшительность или принадлежность: «маленький Скафар» или «сын Скафара». Такая модель типична для чешской, словацкой, а также украинской и польской ономастики. В русской традиции суффикс «-ик» встречается реже, чаще в западных регионах, куда фамилия могла попасть вместе с мигрантами из Австро-Венгрии. Поэтому географически Скафарик — скорее всего, выходец из Закарпатья, Галиции или Чехии, а на территории современной России фамилия остаётся штучной.

Есть и менее вероятная версия — от греческого «скафари» (σκαφάρι), что означает «лодка» или «корыто». В этом случае прозвище мог получить лодочник или тот, кто делал долблёные лодки-однодеревки. Но греческая версия хуже объясняет суффикс «-ик»: в греческих фамилиях он не образует отчества, а скорее даёт уменьшительную форму. Для славянской среды «управляющий» выглядит убедительнее, тем более что фамилия встречается в Чехии и Словакии, где «skafár» — зафиксированное слово.

В написании фамилии возможны варианты: Скафарик, Скафарык, Скафаржик (через «ж» в чешской передаче). В русском языке ударение, скорее всего, падает на второй слог — Ска́фарик, хотя в оригинале могло быть и на последний. Сословно предки, если верна версия с управляющим, относились к зажиточным крестьянам или мелким служащим — не к аристократии, но к людям с положением и грамотностью.