Фамилия Скафенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был распространён в основном на Левобережной и Слободской Украине. Первоначально такие фамилии указывали на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Скаф(а). Слово «скафа» в старой украинской лексике могло означать «ларь», «сундук» или «кадушка», а также в диалектах — «шкаф», «поставец для посуды». В южнорусских говорах «скафа» — это деревянный ящик, короб. Прозвище Скафа могли дать человеку, который делал такие сундуки, торговал ими или, в переносном смысле, был плотным, «коренастым», как сбитый ларь.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с греческим корнем «скаф» (σκάφος) — «лодка», «судно». Это могло бы указывать на предка-лодочника или перевозчика, но для украинской антропонимии греческие заимствования в такой форме нетипичны, если только семья не происходила из среды греческих переселенцев Приазовья. Правдоподобнее бытовое ремесленное прозвище.

Географически фамилия Скафенко наиболее плотно представлена в центральных и восточных областях Украины — Полтавской, Черкасской, Днепропетровской, а также в Краснодарском крае, куда потомки переселялись в конце XIX — начале XX века. В русской среде фамилия редка, что подтверждает её чёткую региональную привязку.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Скафенко относились к казацкому или крестьянскому сословию. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: суффикс -енко в малороссийских фамилиях чаще всего указывает на простое происхождение. В реестрах Войска Запорожского могли встречаться однофамильцы, но документальных подтверждений этого по конкретной ветви нет.

Написание фамилии устойчиво: Скафенко, без вариантов вроде «Скофенко» или «Скафинко». Ударение в современном бытовании обычно падает на второй слог — Скафе́нко, хотя по старой украинской норме могло быть на последнем. Встречается также форма Скафаненко, но это уже другая, более редкая ветвь с наращением суффикса.