Фамилия Скафтымова — женская форма фамилии Скафтымов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или профессий, основа «Скафтым» звучит не по-русски. Это прямой намёк на искусственное или семинарское происхождение.

Вероятнее всего, фамилия Скафтымов относится к так называемым «семинарским» фамилиям, которые давали в духовных училищах и семинариях выпускникам из простых семей, не имевшим наследственной фамилии. Преподаватели часто образовывали такие фамилии от греческих или латинских слов, чтобы придать будущим священникам благозвучное и книжное имя. В основе «Скафтым» лежит греческое слово «скафос» (σκάφος) — «лодка», «судно», «челнок». В церковном обиходе это слово могло ассоциироваться с «ковчегом» или «ладьёй» — символом Церкви, спасающей верующих.

Таким образом, Скафтымов — это «лодочник» или «корабельщик» не в прямом, бытовом смысле, а в переносном, духовном. Такую фамилию могли дать сыну дьячка или пономаря, отличавшемуся прилежанием в изучении греческого языка. Модель образования проста: к греческой основе «скафт-» (искажённое «скафос» с переходом в «скафт» по аналогии с другими заимствованиями) прибавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем и женское окончание -а.

Встречается фамилия в основном в центральной России и Поволжье, где были сильны традиции духовного сословия. Сравните с другими семинарскими фамилиями того же корня: Скафов, Скафтинский, Скафтырев. Все они — вариации на тему «лодки» или «сосуда», но Скафтымова — одна из наиболее редких и специфических. Правдоподобность этой версии высока: никакого другого распространённого русского слова или прозвища «Скафтым» не существует, а искусственное книжное происхождение для фамилий такого звучания — правило, а не исключение.