Фамилия Скажукин — один из тех случаев, когда прозвище, данное за манеру речи, застыло в фамильном суффиксе. Основа здесь прозрачна: глагол «сказать», а точнее, его повелительная форма «скажи» или просторечное «скажу». Человек, получивший такое прозвище, мог быть говорливым, любителем вставить своё слово, или, напротив, тем, кто часто повторял «скажу, скажу» — обещал и не делал. В народной среде прозвища по речевому поведению давали охотно: Скажи, Скакун, Балабол, Говорун.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий, но не самая массовая. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Скажукин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Скажука. Уменьшительная форма «Скажука» (с суффиксом -ук-/-юк-) характерна для южных и западных русских говоров, а также для украинского и белорусского влияния. Сравните: Скажук — Скажукин. То есть исходное прозвище было именно Скажука, а не Скажук — это важная деталь, которая говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где цокали или смягчали конечный согласный.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных форм (Сказов, Сказанов), Скажукин — продукт живой разговорной речи. В ономастических справочниках эта фамилия не относится к частотным, её нет в списках массовых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки Скажукиных были крестьянами или посадскими людьми из центральных или южнорусских губерний, где прозвища такого типа бытовали особенно широко.

Интересно, что фамилия сохранила глагольную основу в чистом виде, без дополнительных суффиксов, которые меняли бы значение (например, Сказитель, Сказочников). Это указывает на то, что прозвище дали не за профессиональное качество (сказитель былин), а за бытовую черту — манеру говорить или повторять одно и то же слово. Встречаются варианты написания с одной «к» (Скажукин) — это орфографическая норма, двойная «к» не требуется, так как основа на «ж» не удваивается.