Фамилия Скебердис — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она звучит как типичная латышская или литовская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Формант -ис указывает на мужскую фамилию в латышском языке (в женском варианте было бы Скеберде). В Литве похожий суффикс -ис также встречается, но для латышского он гораздо характернее.

Основа фамилии — «скеберд-» — скорее всего, восходит к латышскому слову «skeberds» или его диалектным вариантам. В латышском языке это слово имеет несколько значений, но основное — «щепка», «заноза», «стружка» или «обломок». Прозвище Скебердис могли дать человеку с худощавым, «щепетильным» телосложением, либо, что вероятнее, тому, кто работал с деревом и оставлял после себя кучу стружки — плотнику, столяру или даже дровосеку. В переносном смысле так могли назвать придирчивого, въедливого человека, который «как заноза» ко всем цепляется.

Модель образования простая: прозвище Скебердис (или Скеберда) перешло в фамилию без дополнительных русских суффиксов -ов или -ин, что типично для балтийского ареала. Если бы фамилия обрусела, мы бы увидели вариант Скебердов или Скебердин, но этого не произошло. Значит, предки носителя фамилии, скорее всего, жили на территории исторической Ливонии или Курляндии и сохранили исходную форму фамилии вплоть до массовой паспортизации XIX века.

Встречаемость фамилии крайне низкая даже в Латвии. В России она практически единична и, вероятно, принадлежит потомкам латышей, переселившихся во времена Столыпинской реформы или эвакуированных в 1915 году. Никаких «дворянских» или «крестьянских» маркеров у фамилии нет — она изначально демократичная, ремесленная, описывающая человека по занятию или внешности, без сословной привязки.