Фамилия Скебер — редкая и загадочная, и её происхождение не укладывается в одну простую схему. Скорее всего, она восходит к нарицательному «скиба» — «ломоть хлеба». Вероятно, так могли называть бедного человека, который вынужден был ограничивать себя в употреблении хлеба, или же, наоборот, того, кто этот хлеб пёк. Можно предположить, что основатель рода Скебер был пекарем — прозвище по ремеслу часто закреплялось за семьёй. Кроме того, такое прозвище могло указывать на внешние особенности его обладателя: Скебером иногда называли полного, «мягкого» человека. В этом случае можно предположить, что предок обладателя фамилии Скебер был крестьянином — землепашцем, ведь сытый и плотный облик в деревне нередко связывали с достатком и тяжёлым трудом на земле.

Однако у этой фамилии есть и другая, балтийская версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. Тот факт, что однокоренные фамилии встречаются в Литве, может указывать на балтийские корни фамилии Скебер. Так, возможно, что прозвище Скебер происходит от латышского глагола skābēt — «квасить; солить». Следовательно, Скебером могли называть человека, который квасил что-либо или солил овощи — мастера по заготовкам, без которых не обходился ни один крестьянский двор. Эта версия выглядит правдоподобнее, если учитывать, что суффикс -ер в таком случае типичен для латышской модели образования прозвищ от глаголов.

Сведения о представителях однокоренных фамилий встречаются в различных архивных документах. Так, в архивах Москвы и Красноярска встречаются литовцы Скебера Казис, сын Феликсаса, который родился в 1904 году в деревне Кайлиину Ширвинтского района Литвы, и Скеберис Вилюс Антано, рожденный в Литве. Эти записи подтверждают: фамилия действительно бытовала на балтийской земле, а её носители позже переселялись вглубь России, увозя с собой родовое имя. Сама форма Скебер — это, скорее всего, русифицированная или упрощённая передача более длинного литовского варианта, что часто случалось при переписях и оформлении документов. Так что, выбирая между «хлебной» и «квасильной» версиями, стоит помнить: обе имеют право на жизнь, но балтийский след выглядит весомее.