Фамилия Скендиров — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу упирается в географию. Встречается она почти исключительно у балкарцев и карачаевцев, а также у осетин-дигорцев. Это сразу подсказывает, что корень здесь не славянский, а тюркский или иранский, и что фамилию в её нынешнем виде «обрусела» русская модель оформления.

Основа фамилии — личное имя Скендир. Это местная, кавказская форма имени Александр. В тюркских языках Кавказа и соседних регионах «Скендир» (иногда «Искендер») — это Александр Македонский, который в восточной традиции стал легендарным героем и пророком Зуль-Карнайном. Имя было популярно: родители называли так сыновей в надежде на силу и удачу. Суффикс -ов — чисто русский патронимический показатель, который добавили при документальном оформлении фамилий в XIX — начале XX века, когда горские народы включали в имперскую административную систему. Так «сын Скендира» превратился в Скендирова.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых тюркских диалектах «скендир» может быть искажением от «эскендир» — «разрушитель», «рассеиватель». Но она слабая: во-первых, имя Скендир как форма Александр зафиксировано в осетинской и балкарской антропонимии; во-вторых, прозвище «Разрушитель» в качестве личного имени встречается крайне редко и обычно несёт негативный оттенок, что нехарактерно для фамилий, образованных от имён.

Таким образом, подавляющее большинство Скендировых — потомки человека по имени Скендир, жившего в горах Кавказа. Сословно это могли быть как уздени (свободные общинники), так и зависимые крестьяне, но без дополнительных генеалогических записей сказать точнее нельзя. Фамилия не имеет никакого отношения к славянским корням (вроде «скендирить» — такого слова в русском языке нет). Её уникальность в том, что она наглядно показывает, как русская фамильная модель «наложилась» на кавказское имя, создав гибридную форму, которая сейчас воспринимается как обычная русская фамилия.