Фамилия Скендирова — женская форма, а её мужской вариант — Скендиров. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от топонима — названия географического объекта.

Основа «Скендир» или «Скендер» — это искажённая или диалектная форма имени «Искандер» (арабская версия имени Александр). На Кавказе, в Средней Азии и у балканских народов форма «Скендер» встречается как личное имя (вспомним албанского героя Скандербега). Если фамилия Скендиров образована от такого имени, то она относится к типичной русской модели на -ов: «чей?» — Скендиров, то есть сын Скендера. Однако суффикс -ир- в основе настораживает: он нехарактерен для прямого отчества от имени Скендер (там было бы «Скендеров» или «Скендерович»).

Более правдоподобно, что фамилия происходит от названия населённого пункта. На Балканах и в южнославянских землях есть топонимы вроде Скендера, Скендира (например, село Скендер-Вакуф в Боснии). Житель такого места мог получить прозвище Скендир, а его потомки — фамилию Скендировы. В русской среде такие фамилии часто возникали у выходцев из этих регионов, либо у людей, чьи предки служили на границах империи и контактировали с местным населением.

Ещё одна версия, менее вероятная, но возможная — связь с тюркским словом «скендир» (в значении «разбрасывать», «рассеивать»). В этом случае прозвище Скендир могли дать человеку неспокойному или живущему разрозненно. Но эта гипотеза слабая, так как такая лексема не зафиксирована в основных тюркских языках как распространённое прозвище.

Таким образом, наиболее надёжная версия — фамилия Скендирова указывает на предка, который происходил из места с названием Скендер/Скендир, либо нёс имя Искандер в его балканской или кавказской огласовке. География фамилии сегодня размыта, но её корни, скорее всего, ведут на юг — в зону контакта славянского, тюркского и кавказского миров.