Фамилия Схудобенова — редкий случай, когда корень слова сохраняет почти дословно целую фразу. В основе лежит прозвище Схудоба или Схудобен, которое в диалектах означало «исхудалый», «тощий», «худой до крайности». Приставка «с-» здесь имеет значение полноты действия или состояния: «схуднуть» — сильно похудеть, стать совсем худым. Так могли прозвать человека болезненного, высокого и костлявого или того, кто пережил голодные годы. В отличие от более распространённой фамилии Худобин (от «худоба» в значении «бедность» или «худощавость»), форма с приставкой «с-» подчёркивает именно процесс или результат острого истощения.

По модели образования фамилия относится к патронимическому типу на -ов/-ев, но с редким суффиксом -ен- перед окончанием. Сначала от прозвища Схудоба возникло имя Схудобен (по аналогии с Безродный — Безроден, Кривой — Кривен). Отчество «Схудобенов сын» со временем закрепилось как фамилия. Окончание -а характерно для женской формы, что указывает: перед нами фамилия, записанная по мужской линии, но в бытовом употреблении часто фигурирующая в женском варианте (например, в документах на жену или дочь).

Географически фамилия привязана к северным и центральным регионам России — Вологодской, Архангельской, Костромской областям. В этих местах сохранялись архаичные говоры, где «схуднуть» было обычным словом, а не книжным. Встречаются варианты написания: Схудобенов (мужская форма), реже Схудобин, но именно окончание -ова выдаёт происхождение из семьи, где фамилию передали через женскую линию или зафиксировали в метриках как «Схудобенова».

С точки зрения социального контекста, носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей. Прозвище не несло оскорбительного оттенка: в деревне внешность описывали прямо, без обиняков. Схудобенов могли звать и того, кто «с лица спал» после болезни, и просто долговязого парня. Фамилия не получила широкого распространения — нынешние носители, вероятно, восходят к одному или двум корням.