Фамилия Скирвайнис — редкий случай, когда географическое происхождение очевиднее, чем корень. Это типично литовская фамилия, что выдают суффикс -айнис (-ainis) и окончание -ис (-is). В русском языке её записывают без изменений, хотя в оригинале она звучала бы как Skirvainis. Суффикс -айнис в литовской ономастике часто указывал на принадлежность к местности или занятию, образуя прозвища вроде «тот, кто из такого-то места» или «тот, кто делает то-то».

Самая вероятная основа — литовское слово skirva, которое в диалектах означало «щель», «расселина», «трещина» или «расщеплённое дерево». В переносном смысле так могли назвать человека с длинным, узким лицом, жилистого и худого, либо того, кто жил у оврага или на границе участков. Есть и вторая версия: skirva могло быть прозвищем для того, кто колол дрова или работал с деревом, расщепляя его. Оба объяснения правдоподобны, но первое — бытовое, по внешности или ландшафту — встречается в литовских фамилиях чаще.

Модель образования проста: основа skirv- плюс суффикс -ainis, который придаёт оттенок «обладающий признаком». То есть Скирвайнис — буквально «щелистый», «расщеплённый» или «живущий у расселины». В XIX веке, когда литовские крестьяне получали фамилии для переписей и воинской службы, такие прозвища закреплялись официально. Дворянской эта фамилия не была — она из крестьянской или ремесленной среды, скорее всего из Жемайтии или Аукштайтии, где говор на -айнис особенно распространён.

На русской почве фамилия почти не встречается за пределами семей, переехавших из Литвы. В дореволюционных документах её могли записать на слух как Скирвайнис, Скирвойнис или даже Скирвайнов, подгоняя под русские суффиксы. Сейчас носителей немного, и фамилия сохраняет чёткую литовскую окраску, не смешиваясь с русскими моделями на -ов или -ин.