Фамилия Скирин — отчество второго порядка, образованное от прозвища или нецерковного имени Скиря. Модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе на -а/-я добавлялся суффикс принадлежности -ин, а затем окончание. То есть Скиря был родоначальником, его сын стал Скириным, а внук — уже Скирин.

Сам корень «скир-» прозрачен: это диалектное слово «скирда», «скирд» — большой продолговатый стог сена или соломы, уложенный особым способом для хранения под открытым небом. Скирей могли прозвать человека высокого, плотного, грузного — по ассоциации с формой скирды. В некоторых говорах «скиря» означало и неуклюжего, медлительного человека, что тоже отсылает к неповоротливой глыбе сена.

Менее вероятная, но допустимая версия — от глагола «скирить» (сгребать сено в скирды). Тогда Скиря — прозвище по занятию: крестьянин, занимавшийся скирдованием, или работник на сенокосе. В любом случае фамилия имеет сельскохозяйственные корни и указывает на бытовую, крестьянскую среду.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют Скирина в отдельную статью, но модель на -ин от прозвища на -я — одна из самых распространённых в северных и центральных губерниях России. Географически фамилия встречается в основном в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской областях, что косвенно подтверждает её происхождение из зоны традиционного сенокосного земледелия.

Скирины — редкая фамилия, не попавшая в дворянские родословные книги. Это говорит о том, что предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а само прозвище не перешло в устойчивый род до эпохи массового закрепления фамилий в XVIII–XIX веках.