Фамилия Сколыбердин — редкая и на первый взгляд необычная, но её устройство поддаётся разбору. Это «географическая» или «прозвищная» фамилия, образованная с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Основа — Сколыберда. Так в старину могли называть человека по месту его жительства или по характерной особенности.

Скорее всего, Сколыберда — это прозвище, связанное с диалектным словом «сколыбать» или «сколыбнуть». В северных и сибирских говорах это означало «качать», «шатать», «колебать». Соответственно, Сколыбердой могли прозвать неуклюжего, шаткого человека или, наоборот, того, кто постоянно «качал лодку» или что-то раскачивал. Суффикс -ерд- в таких прозвищах встречается редко и придаёт слову оттенок действия или свойства (сравните с «ковырять» — «ковыряла»). Вторая версия — топонимическая: фамилия могла возникнуть от названия деревни или урочища Сколыберда, Сколыбердино. Такие названия встречаются в Вятской и Пермской губерниях, где слово «сколыбать» было в ходу. Переселенцы получали фамилию по имени покинутого места: «Сколыбердин» — выходец из Сколыберды.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к тюркскому слову «скол» (кость, остов) или к какому-то личному имени, но для этого нет надёжных свидетельств. Русская модель образования (суффикс -ин) и говоры однозначно указывают на бытовое прозвище или географическое название. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская — такие «говорящие» прозвища редко закреплялись за высшими сословиями. Встречается она крайне редко, в основном на Урале и в Западной Сибири, куда в XIX веке уходили переселенцы из Вятки. Носителей мало, и фамилия остаётся живым свидетельством местного говора и быта.