Фамилия Скондаков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени Скондак. В основе лежит диалектное или устаревшее слово. В русских говорах «скондаться» означало «шататься, бродить без дела», «скондылять» — «идти прихрамывая, ковылять». Первый носитель мог получить прозвище за манеру ходьбы или за непоседливый, бродячий образ жизни.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на согласный прибавили суффикс -ов. Скондак + ов = Скондаков, буквально «сын Скондака». Суффикс указывает на то, что фамилия складывалась в центральных и северных регионах России, где такая модель была господствующей, в отличие от украинских или белорусских земель.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «скондак» или близкие по звучанию слова могли означать «приклад ружья» или «рукоять». Если предок был оружейником или служилым человеком, прозвище могло закрепиться по роду занятий. Однако эта гипотеза слабее: для русской ономастики типичнее прозвища от глаголов движения, чем от названий частей оружия.

В дореволюционных источниках фамилия встречается крайне редко. Основной ареал — южные губернии России, в частности область Войска Донского и прилегающие территории. Это косвенно подтверждает прозвищную версию: в казачьей среде меткие прозвища давали часто, и они легко переходили в фамилии.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно встретить Скондаковы, Скондаковы — это варианты написания, возникшие из-за неграмотности писарей. Фамилия не дворянская, не купеческая; её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками.