Фамилия Сконкина — редкий случай, когда написание подсказывает ответ быстрее, чем корень. Суффикс -ин указывает, что перед нами типичная «материнская» или «женина» фамилия: в основе лежит прозвище или имя женщины, от которой пошли дети. Мужской вариант — Сконкин, а женский — Сконкина — закрепился за дочерьми и жёнами. Географически такие формы чаще встречались на севере и в центральной России, где фамилии на -ин образовывались от имён матерей (вдов, солдаток) или от прозвищ, данных по хозяйке дома.

Корень «сконк-» неочевиден, но в русских говорах и диалектах есть слово «сконка» — так в некоторых областях называли скупу, прижимистую женщину или, наоборот, человека, который «сконкивает», то есть скулит, жалуется. В ономастике такие прозвища по характеру — обычное дело: Сконка могла быть ворчливой или бережливой хозяйкой, а её дети получили фамилию по материнской кличке. Возможна и другая версия: «сконка» — вариант слова «скончать» (окончить, завершить), но в бытовых прозвищах это почти не фиксируется.

Модель образования проста: женское прозвище Сконка → Сконкин/Сконкина. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская — в высших сословиях фамилии на -ин редко образовывали от прозвищ матерей. По переписям XIX века единичные носители фамилии Сконкин встречаются в Вятской и Пермской губерниях, что косвенно подтверждает северное происхождение: именно там суффикс -ин в «материнских» фамилиях был особенно распространён.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Сконников, Скончалов, — то Сконкина стоит особняком: у неё нет суффикса -ов или -ский, а значит, она сохранила прямую связь с прозвищем конкретной женщины. В современном русском языке фамилия крайне редкая, и её носители, скорее всего, потомки одной семьи из северных регионов.