Фамилия Скрупинская — одна из тех, что сразу выдают польское или западнорусское происхождение. Её выдает суффикс -ск(ая), который в польской и украинской традиции был типичен для шляхетских фамилий, образованных от названий местности. В русском простонародье такие фамилии массово появились позже, в XIX веке, у выходцев из духовенства или при переписи населения на западных землях.

Основа фамилии — Скрупин (или Скрупа). Скорее всего, это прозвище или топоним. В польском языке слово skrupa означает «крошка», «крупинка», «мелкая частица». Прозвище Скрупа могли дать человеку маленького роста, щуплому, либо, наоборот, скрупулёзному, дотошному — тому, кто «крошит» и разбирает всё по мелочам. Второй вариант — чешское skrupule (совесть, сомнение), но для восточнославянских земель это менее вероятно.

География фамилии подсказывает, что её носители — выходцы из бывших земель Речи Посполитой: современные Беларусь, Украина, восток Польши. Встречается фамилия и в России, но как редкая, занесённая миграциями. Если предок был шляхтичем, то фамилия могла закрепиться за целым родом, владевшим хутором или деревней Скрупин (такие топонимы есть в Польше, например, Скрупин в Лодзинском воеводстве). Если же предок — крестьянин или мещанин, то фамилию ему дали по названию места жительства или по прозвищу отца.

Окончание -ая указывает на женскую форму, но в русской традиции так записывали и мужчин, если фамилия была уже «готовой» формой прилагательного (Скрупинский → Скрупинская). На практике носители с такой фамилией — чаще женщины, мужской вариант — Скрупинский.

Таким образом, фамилия Скрупинская — это «географическая» или «прозвищная» фамилия, указывающая либо на родство с человеком по прозвищу Скрупа (мелкий, дотошный), либо на происхождение из места с корнем «скруп-». В любом случае, она редкая и несёт отпечаток западных диалектов и шляхетской культуры.