Фамилия Скрупская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Суффикс -ск- указывает на происхождение от топонима: такую фамилию получал либо помещик по названию своего имения, либо выходец из села или местечка Скрупе, Скрупы или похожего. В польской и западнорусской ономастике фамилии на -ский традиционно были дворянскими, но в XIX веке их активно носили и крестьяне, переселившиеся из деревни в город.

Корень «скруп» в славянских языках неочевиден. Самая правдоподобная версия связывает его с польским «skrupić» — «скупиться, жалеть» или «skrupulatny» — «скрупулёзный, дотошный». В таком случае прозвище Скрупа мог получить человек мелочный, прижимистый или, наоборот, чрезвычайно тщательный в делах. Однако для фамилии на -ский эта версия слабее: прозвища редко ложатся в основу такой модели, если только не было промежуточного названия поселения (например, деревня Скрупово, откуда пошёл Скрупский).

Есть и более конкретная географическая зацепка. В Беларуси и восточной Польше встречаются села с основой «скруп» — например, Скрупе в Лодзинском воеводстве или Скрупово в Брестской области. Если предки Скрупских происходят оттуда, фамилия буквально значит «тот, кто из Скрупе». В таком случае этимология корня уходит в балтийские языки: литовское «skrupas» — «кусок, крошка», что могло описывать мелкое, дроблёное место, например, песчаную почву или небольшой надел земли.

Написание фамилии через «с» и с окончанием -ая характерно для русского варианта польской или белорусской основы. В польском оригинале фамилия звучала бы как Skrupska, с ударением на втором слоге, и принадлежала женщине (мужской вариант — Skrupski). В русской среде ударение сместилось на первый слог, а окончание приспособилось к грамматике. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, в России её носят единицы, что подтверждает версию о локальном происхождении из одного конкретного гнезда.

Социальный контекст: если Скрупские — не потомки шляхты, то, скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписи по месту выхода. Дворянская ветвь могла бы оставить след в гербовниках, но фамилия там не фиксируется, что склоняет к «географической» версии с простонародным корнем.