Фамилия Скрыбыкин образована от прозвища Скрыбыка. Слово «скрыбыка» в северных и сибирских говорах означало «скряга», «скупой человек» (от глагола «скрыбить» — скупиться, жалеть). Так могли прозвать того, кто отличался чрезмерной бережливостью, переходящей в жадность. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скрыбыкин — «сын Скрыбыки» или «человек из рода Скрыбыки».

По другой, менее вероятной версии, прозвище могло быть связано с диалектным «скрыба» — царапина, заноза, и тогда Скрыбыкой называли придирчивого или обидчивого человека. Но ономастический словарь В. А. Никонова и данные по распространению фамилии (преимущественно в Кировской, Вологодской и Архангельской областях) подтверждают первое значение — именно в этих регионах «скрыбить» в значении «скупиться» фиксируется в диалектных словарях.

Фамилия довольно редкая, не попала в списки дворянских родов. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, где прозвища, отражающие черты характера, давали особенно часто. Интересно, что в ряде переписей XVIII века встречается вариант «Скрыбыкин» без чередования (не «Скрыпкин»), что говорит о стабильном написании и подтверждает происхождение именно от «скрыбыка», а не от звукоподражательного «скрип».