Фамилия Скрыбыкина — женская форма мужской фамилии Скрыбыкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Скрыбыка. Оно образовано от глагола «скрыбать» (или «скрыбать») — в южнорусских и украинских говорах это означало «скрести», «царапать», «чесать». Соответственно, Скрыбыкой могли прозвать человека с резким, неприятным голосом (скрипучим), того, кто постоянно чем-то скребёт (например, столяр или плотник, работающий с деревом), либо просто непоседу, «чесоточного».

Словообразовательная модель простая: корень «скрыб-», суффикс «-ык-» (характерный для прозвищ, ср. Грызлык, Ковырыка), окончание «-а». Затем к основе Скрыбык- добавился русский патронимический суффикс «-ин», указывающий на принадлежность: «сын Скрыбыки», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия недвусмысленно указывает на происхождение от конкретного лица, а не от названия местности.

Фамилия редкая и географически привязана к южнорусским регионам, особенно к Курской, Воронежской, Ростовской областям, а также к восточной Украине. В центральных и северных говорах глагол «скрыбать» не был распространён, там использовали «скрести» или «царапать». Это сразу сужает ареал возникновения и говорит о том, что предки носителей фамилии были выходцами из южнорусского или украинского крестьянства.

Среди однокоренных фамилий — Скрыба, Скрыбка, Скрыбник, Скрыпник (последняя уже от «скрипеть»). Скрыбыкин стоит особняком из-за суффикса «-ык-», который придаёт прозвищу оттенок действия или свойства: Скрыбыка — это не просто «скрипучий», а «тот, кто скрыбает», то есть активно действующий. Вероятнее всего, прозвище было дано за поведение или занятие, а не за внешность.

Дворянского происхождения у этой фамилии нет — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто закреплялись за родом. В дореволюционных метрических книгах она встречается в основном среди однодворцев и государственных крестьян южных губерний.