Фамилия Скубникова, женская форма фамилии Скубников, происходит от прозвища или профессионального имени Скубник. В основе лежит глагол «скубить», который в русских говорах означал «скрести», «скоблить», «царапать», а также «щипать» (например, лен или птицу). Таким образом, Скубником могли называть человека, занятого очисткой чего-либо: мастера, выскабливающего дерево или кожу, либо того, кто обрабатывал лен или щипал птицу. В отличие от более распространенной фамилии Скобников, которая восходит к слову «скобель» (инструмент для строгания), Скубников имеет более широкий спектр значений, связанных с грубой механической обработкой или очисткой.

Суффикс -ник в основе указывает на деятеля, а фамильный суффикс -ов/-ев — один из самых массовых в русской фамильной системе, образующий притяжательные фамилии. В данном случае Скубников — буквально «сын Скубника», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия сравнительно редкая и не попала в крупные дореволюционные словари, что говорит о её локальном бытовании. Географически она тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектные формы глагола «скубить» были особенно распространены.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «скубить» имело и переносное значение — «бранить», «журить». Не исключено, что прозвище Скубник мог получить человек сварливого или придирчивого нрава, который «скуб» окружающих словами. Однако профессиональная версия выглядит более правдоподобной, так как большинство русских фамилий на -ник (-ников) изначально обозначали именно ремесло или занятие. Родственные фамилии — Скубков, Скубенко, Скуба — встречаются ещё реже и имеют украинские или белорусские корни (от слова «скубати» — драть, рвать).